Ο θάνατός του για την κοινή γνώμη ήταν αθόρυβος και χωρίς πληροφορίες για τα ακριβή αίτιά του.
Ωστόσο, η κόρη του Γιάννη Γκιωνάκη, Πωλίνα, μιλώντας στην εκπομπή της Ελεονόρας Μελέτη, αποκάλυψε πως ο κοσμαγάπητος ηθοποιός, τα τελευταία τέσσερα χρόνια της ζωής του ήταν κατάκοιτος εξαιτίας ενός εγκεφαλικού επεισοδίου που είχε υποστεί.
Παρότι όλα αυτά τα χρόνια μπαινόβγαινε στα νοσοκομεία, αυτό το δράμα του δεν έγινε γνωστό επειδή φρόντισαν η ίδια και η μεγαλύτερη αδελφή της να μη γίνει. Ήθελαν ο κόσμος να τον θυμάται όπως ήταν πριν από όλα αυτά. Όταν ήταν όρθιος και ακμαίος. Και το κατάφεραν!
Όπως είχε εκμυστηρευτεί η Πωλίνα Γκιωνάκη λίγους μήνες πριν, για τη μεγάλη απουσία της από το θέατρο: «Ήταν ένας πολύ προσωπικός μου λόγος, ήταν επιλογή μου. Ο Θεός πολλές φορές μας δίνει πράγματα που δεν τα επιλέγουμε. Έπρεπε να μην εργάζομαι. Έμεινα στο σπίτι μου, άρχισα να γράφω, γιατί κάπου έπρεπε να βγάλω όλο αυτό που είχα μέσα μου, με τη βοήθεια του Θεού ξεπέρασα το πρόβλημα, και ξανά βγήκα στο χώρο. Ήταν θέμα υγείας και δεν θέλω να πω κάτι παραπάνω, όπως δεν θέλησα από την στιγμή που αρρώστησε ο πατέρας μου, να το δημοσιοποιήσουμε, γιατί ο πατέρας μου ήταν τέσσερα χρόνια κατάκοιτος.
Εμείς περάσαμε πάρα πολύ δύσκολα τέσσερα χρόνια, μπήκε βγήκε πολλές φορές στο νοσοκομείο, μπαίναμε και βγαίναμε από την πίσω πόρτα, δίναμε άλλο όνομα, δεν μαθεύτηκε, ποτέ τίποτα. Πιστεύω ότι υπάρχουν στιγμές προσωπικές στον άνθρωπο, που δεν πρέπει να τις μοιράζεται με το κοινό. Μόνο μέσα στην οικογένεια. Δεν θέλω ποτέ να πει ο κόσμος την καημένη ή τον καημένο. Δεν ήθελα ποτέ να προκαλέσω το κλάμα του κόσμου, κάτι που συχνά γίνεται στην τηλεόραση, και πιο συχνά παλαιότερα».