Με αφορμή την δολοφονία Φύσσα ξεκινά η μεγάλη έρευνα. Στις 29 Σεπτεμβρίου 2013 συλλαμβάνεται η ηγεσία της Χρυσής Αυγής
Στις 17 Σεπτεμβρίου του 2013, ο Παύλος Φύσσας, η σύντροφός του και η παρέα τους πήγαν να παρακολουθήσουν αγώνα ποδοσφαίρου. Στην καφετέρια «Κοράλλι» βρίσκονταν μέλη της Χρυσής Αυγής το οποία αναγνώρισαν στο πρόσωπο του Φύσσα από την αντιφασιστική του δράση.
Η πληροφορία για την παρουσία του Φύσσα φτάνει οργανωμένα έως τα ανώτερα κλιμάκια της εγκληματικής οργάνωσης με τον πυρηνάρχη Νίκαιας Γιώργο Πατέλη να δίνει μέσω υπολογιστή το σήμα της επίθεσης στα μέλη της ΧΑ. Μέχρι εκείνη την ώρα επικοινώνησε επτά φορές τηλεφωνικά με τον Γιάννη Λαγό.
Λίγα λεπτά πριν το ρολόι δείξει 12, το τάγμα εφόδου 50 ατόμων με ρόπαλα κατευθύνθηκε καφετέρια Κοράλλι. Ο Παύλος Φύσσας υποδεικνύει στους φίλους του να φύγουν και μένει πίσω. Ακολουθεί συμπλοκή.
Ο Γιώργος Ρουπακιάς βγαίνει από το αυτοκίνητό του με το μαχαίρι, πλησιάζει τον Παύλο Φύσσα και τον μαχαιρώνει 3 φορές, στον αριστερό πνεύμονα και στην καρδιά. Ωστόσο καταφέρνει και δείχνει ο ίδιος στους αστυνομικούς τον δολοφόνο του, ο οποίος συλλαμβάνεται στο σημείο.
Ενώ ήταν ήδη κρατούμενος, ο Ρουπακιάς επικοινώνησε τηλεφωνικά με τον πυρηνάρχη Νικαίας Γιώργο Πατέλη, ο οποίος στην συνέχεια ενημέρωσε τηλεφωνικά τον Γιάννη Λαγό. Ο Νίκος Μιχαλολιάκος, έστειλε ένα SMS στον Λαγό, ο οποίος κάλεσε το Μιχαλολιάκο και στη συνέχεια τον Πατέλη. Ο Πατέλης έπειτα επικοινώνησε πάλι τηλεφωνικά με τον Ρουπακιά τρεις φορές.
Το επόμενο πρωί από τη δολοφονία πραγματοποιήθηκαν αστυνομικές έρευνες στα γραφεία της ΧΑ στην Αττική.
Σε ηχητική καταγραφή τηλεφωνικής συνομιλίας το μεσημέρι της ίδιας μέρας ακούγεται ο Λαγός μαζί με τον Μιχαλολιάκο και τον Κασιδιάρη να συμβουλεύουν το στέλεχος της ΧΑ, το Σωτήρη Δεβελέκο, να ισχυριστεί ότι δε γνωρίζει το Ρουπακιά, εάν κληθεί από τις αρχές.
Η έρευνα και οι διώξεις
Με αφορμή την δολοφονία Φύσσα ξεκινά η μεγάλη έρευνα. Στις 29 Σεπτεμβρίου 2013 συλλαμβάνεται η ηγεσία της Χρυσής Αυγής, του επικεφαλής της Νίκου Μιχαλολιάκου και των Ηλία Κασιδιάρη, Γιάννη Λαγού, Ηλία Παναγιώταρου, Νίκου Μίχου και άλλων στελεχών του κόμματος, οι οποίοι κατηγορούνται για σύσταση εγκληματικής οργάνωσης.
Μετά από την ανακριτική διαδικασία που κράτησε 9 μήνες, το Συμβούλιο Εφετών αποφάσισε την παραπομπή 69 χρυσαυγιτών, μεταξύ των οποίων και σύσσωμη η κοινοβουλευτική ομάδα της Χρυσής Αυγής, όπως αυτή αναδείχθηκε στις εκλογές του 2012. Η δολοφονία του Παύλου Φύσσα εντάσσεται στο κατηγορητήριο. Ο 34χρονος μουσικός με το αίμα του σφραγίζει το τέλος του νεοναζιστικού μορφώματος.