Πολλά προβλήματα έχει να αντιμετωπίσει ο ΣΕΓΑΣ σε σχέση με το πρωτόκολλο διεξαγωγής των αγώνων.
Ένα από τα σημαντικότερα «εμπόδια» που έχει να υπερκεράσει ο ΣΕΓΑΣ, είναι στα αγωνίσματα που υπάρχει σωματική επαφή. Πιο συγκεκριμένα υπάρχουν αγωνίσματα που δεν γίνεται να αλλοιωθεί η φύση τους όπως οι σκυταλοδρομίες και οι μεγάλες αποστάσεις.
Η Ελληνική ομοσπονδία πρότεινε στην ΓΓΑ για να αποφευχθεί οποιοδήποτε κρούσμα του κορωνοϊού, οι αθλητές να προσκομίσουν ιατρική βεβαίωση ή αρνητικό τεστ, που να έχει εκδοθεί τις τελευταίες 48 ώρες πριν τον αγώνα. Στα πανελλήνια πρωταθλήματα τη συγκεκριμένη βεβαίωση, μπορούν να την δώσουν και οι γιατροί των αγώνων.
Σε αντίστοιχα μέτρα έχουν προβεί και άλλες Ευρωπαϊκές χώρες για να μην αναγκαστούν να ακυρώσουν τα συγκεκριμένα αγωνίσματα. Οι αγώνες που υπάγονται σε αυτή την ειδική κατηγορία του πρωτοκόλλου είναι τα 800μ, τα 1500μ, τα 5000μ, τα 10000μ, τα 3000, με φυσικά εμπόδια και η σκυταλοδρομίες 4Χ400μ, όπως και τα συγγενικά αγωνίσματα στις μικρότερες ηλικιακές κατηγορίες ( 3000μ , 2000μ, με φυσικά εμπόδια ).